Музей Шаляпина разместился в последней петербургской квартире певца. На Аптекарском острове легендарный бас прожил с 1915 по 1922 год и отсюда же навсегда уехал за границу. Сегодня в квартире восстановлены прихожая, столовая, спальня, большая и малая гостиные, а также воссоздан уголок грим-уборной артиста в Мариинском театре. О важнейших событиях в жизни и творчестве Шаляпина рассказывают письма, фотографии, афиши, живопись и рисунки, театральные костюмы и, конечно, личные вещи Шаляпина. Есть в мемориальной квартире и не совсем привычный для музыкального музея экспонат — коллекция оружия. Ее певцу в свое время презентовал Максим Горький. Знаменитый портрет кисти Кустодиева (1921) также находится в экспозиции: Шаляпин очень любил эту картину и даже увез ее с собой за границу. В Россию полотно в 1968 году возвратили дочери певца Марфа и Марина.

В специально оборудованных Открытых фондах Дома-музея Ф. И. Шаляпина хранится собрание Нины и Никиты Лобановых-Ростовских — коллекция театральной живописи конца 19 – начала 20 века.