На втором этаже музея открыта экспозиция «Искусство эпохи модерна» и тематическая выставка, посвященная Министерству финансов Российской империи, которое когда-то располагалось в стенах этого здания. На третьем этаже созданы экспозиции «Под знаком орла. Искусство ампира», «Французская живопись и скульптура XIX века», «Западноевропейское искусство XIX века» и Музей гвардии XVIII века с подлинными орудиями, военной формой и батальной живописью, а также постоянная выставка, рассказывающая о Министерстве иностранных дел Российской империи, также некогда занимавшем эту часть Главного штаба.

Кроме того, в залах Главного штаба регулярно проходят временные выставки. Это главная музейная площадка для показа современного искусства.