Церковь была построена в 1847 году на территории Сторожевского кладбища на пожертвования горожан. При церкви существовали богадельня для инвалидов и престарелых и церковная школа. После Октябрьской революции храм постигла обычная для того времени судьба — церковная утварь и ценности были конфискованы, колокольня с крестом демонтирована, а сама церковь закрыта.

Во время Великой Отечественной войны в храме проводились богослужения. В 1949-м году церковь была вновь закрыта. Ее реконструировали и разместили в ней архив кино-, фото-, и фонодокументов БССР. 

В 1990 году храм передали православным верующим. 25 ноября 1990 года впервые за десятки лет в Минске состоялся крестный ход. В заново освященную церковь из Свято-Духова кафедрального собора перенесли частицу мощей равноапостольной Марии Магдалины. 

Комплекс церковных зданий также включает в себя Сторожевскую браму, построенную в конце XIX века, и Свято-Предтеченскую церковь, возведенную в 90-х годах XX столетия. В числе особо почитаемых святынь церкви — крест с частицами мощей Божьих угодников.

Богослужения в храме проводятся ежедневно, при церкви существует воскресная школа. В саду вокруг храма можно увидеть могилы священнослужителей, чьи имена связаны с историей церкви.